ظاهرا در زمان هخامنشیان به معبد سازی توجه خاصی نشده است و در مجموع، به استثنای یکی دو مورد، از قبیل معبد آناهیتای همدان و استخر، پرستشگاه ها به ساده ترین شکل ممکن در فضای باز ساخته می شده اند. احتمالا خود معبد در این دوره حصاری بوده است برخوردار از محراب و جایی مناسب برای قربانی، که بالای تپه ای ساخته می شده است. البته این معبد جایگاهی نیز برای نگهبانان و راهبان یا راهبه های احتمالی داشته است. ویکاندر کعبۀ زرتشت و همزاد این بنا (زندان سلیمان) در پاسارگاد را نیز، به خاطر نقش کعبۀ زرتشت همراه شعله های آتش بر سکه های اشکانیان، معبد آناهیتا می داند و معتقد است که احتمالا از زمان اشکانیان معبدها به استوار ترین و از نظر هنری به شکیل ترین فرم خود دست یافته اند. در معبد آناهیتای کنگاور که به قول گیرشمن حدود 200 پیش از میلاد، با تالار بزرگی به وسعت 200 متر مربع ساخته شده است و ویرانه های آن هنوز بر سر راه همدان به کرمانشاه به چشم می خورد، از نظر مصالح ساختمانی و هیات عمومی بنا، از معماری تخت جمشید استفاده شده است، اما سبک بنا آمیخته ای است از سبک معماری ایرانی و یونانی. ویرانه های گسترده و باشکوه معبد آناهیتای کنگاور، هنوز هم بیننده را به شگفتی وا می دارد. گزارش های مورخان دورۀ اسلامی نیز نشان از شکوه روزگاران گم شده دارند. در هر حال با معبد آناهیتای کنگاور آسان می توان به چشم اندازی زیبا از هزاره های گم شده دست یافت.
کامبخش جزئیات بیشتری از معبد آناهیتای کنگاور گزارش کرده است. نتیجۀ آزمایش های آرکئوماگنتیک دانشگاه کیوتو از اشیای به دست آمده از کنگاور، که برای کامبخش فرستاده شده است، از حیات فرهنگی این معبد از سدۀ 5 پیش از میلاد تا سال 1180 میلادی حکایت می کند.
از دیگر معبد های پر رونق زمان اشکانیان، بدون توجه به زمان پیدایش این معبدها می توان از معبدهای شیز، بدر نشانده، مسجد سلیمان و استخر نام برد. طرح اصلی این معبدها عبارت بود از یک تالار چهارگوش، که از چهار طرف در حصار رواق هایی قرار داشت و پلکانی که در ضخامت دیوار کار گذاشته می شد و به بام تالار منتهی می شد که مذبح و آتشکده در آنجا، در هوای آزاد، قرار داشت. معمولا در کنار هر معبد بناهای جانبی برای سکونت روحانیان آتشگاه و خادم ها در نظر گرفته می شد. همچنین در این معبدها اتاق مسدودی وجود داشت که در آن آتش مقدس، بدون شعله، روی خاکستر می افروخت.
در زمان ساسانیان در بنای معبد ها تغییرهایی داده شد. در معبدهای این دوره تالار مرکزی آتشکده به شکل مربع بود و در هر طرف یک در ورودی داشت. بهترین نمونه ای که از این سبک میشناسیم، پرستشگاه آناهیتا در بیشاپور، در کنار کاخ سلطنتی است. در این پرستشگاه طول هر ضلع 14 متر است و گرداگرد تالار چهار دالان قرار دارد که در آن وجود جوی های زیادی ساخته شده است. ورودی پرستشگاه پلکانی طویل است که از راه آن به درون تالار فرود می آمده اند. دیوارهای تالار هم به ارتفاع 14 متر با تخته سنگ های بزرگ، که به وسیلۀ بست های آهنی دُم چلچله ای و خرده سنگ به یکدیگر پیوسته اند، ساخته شده است.
علاوه بر معبدهایی که از ایران باستان می شناسیم، در سراسر ایران و قلمرو فرهنگی ایرانی به نوعی بنای تاریخی بر می خوریم که می توان آنها را معبد آناهیتا نامید. این بناها اغلب به قلعۀ دختر (آناهیتا) شهرت دارند: قلعۀ دختر خراسان، میان مشهد و تربت حیدریه، نزدیک رباط سفید و روستای باز؛ قلعۀ دختر خنامان در نزدیکی خنامان رفسنجان؛ قلعۀ دختر شوشتر، مشهور به قلعۀ دختران در 18 کیلومتری شوشتر؛ قلعۀ دختر پارس در 6 کیلومتری فیروزآباد، میان فیروزآباد و بلوک خواجه؛ قلعۀ دختر میانه در 2 کیلومتری شمال پل دختر بر قزل اوزن در دهانۀ قافلانکوه؛ قلعۀ دختر چالوس؛ قلعۀ دختر شوراب در 6 کیلومتری شرقی بخش بیدخت (بغ دخت:آناهیتا؟؟)؛ قلعۀ دختر باکو در مرکز شهر باکو؛ قلعۀ دختر حصن المرات در نزدیکی شهر اُبُلۀ لبنان؛ قلعۀ دختر هندوستان، مشهور به قلعه العذرا، که در ناریخ بیهقی، ضمن سفر سلطان محمود غزنوی به هندوستان به آن اشاره شده است. همچنین برج دختر و پل دختر شهریار؛ پل دختر لرستان؛ کتل دختر شیراز و کتل دختر شاهرود به گنبد، که نمی توانند در پیوند با آناهیتا، ایزد آب نباشند.
وجود سفال های شکسته های فراوان در این معبدها و قلعه دخترها، می توان حاکی از این باشد که یا از آب مخزن های معبدها برای بهبود بیماری و فراوانی محصول استفاده می کرده اند، یا برای رسیدن به مقصود، مقداری آب به معبد آناهیتا هدیه می شده است. ظاهرا پس از تقدیم آب به معبد، ظرف آن را می شکسته اند. در برخی از این معابد میزان سفال شکسته از دوره های تاریخی گوناگون آن قدر فراوان است که گویی آن ها را در حوالی معبد به عمد پاشیده اند.